O vacúolo pulsátil ou contrátil tem a função de realizar o equilíbrio osmótico (osmorregulação). A água doce é meio hipotônica em relação ao protozoário e, por osmose, a água é absorvida. Pra que o protozoário não venha a explodir, o vacúolo pulsátil expulsa o excesso de água. Os protozoários marinhos (assim como os parasitas) não possuem esta organela, pois são isotônicos em relação ao meio, ou seja, a sua concentração é semelhante à d'água salgada.